Вопросы применения мер ответственности за неисполение (ненадлежащее исполнение) условий контрактов (в том числе, взыскания неустоек) относятся к области исполнения контрактных обязательств, которая в  силу пункта 5 части 8 статьи 99 Закона о контрактной системе № 44-ФЗ является предметом контроля со стороны органов внутреннего государственного (муниципального) финансового контроля, а не Новгородского УФАС России как контрольного органа в сфере закупок. В связи с изложенным, Новгородское УФАС России не имеет права давать юридически значимые консультаций в отношении разъяснения порядка взыскания неустоек по государственным и муниципальным контрактам.

Тем не менее, можно отметить, что в соответствии с позицией Верховного Суда Российской Федерации, утвержденной Президиумом Верховного Суда Российской Федерации от 28 июня 2017 г. в обзоре судебной практики применения законодательства Российской Федерации о контрактной системе в сфере закупок товаров, работ, услуг для обеспечения государственных и муниципальных нужд, в случае исполнения контракта с просрочкой обеспечительный платеж удерживается заказчиком в размере, равном размеру имущественных требований заказчика к поставщику (подрядчику, исполнителю), если иное не предусмотрено контрактом.

Т.е. Верховный Суд РФ считает, что взыскание неустойки при неисполении (ненадлежащем исполнении) условий контракта поставщиком производится из суммы обеспечения исполнения контракта.